Terdapat pandangan yang berbeza sama ada asal usul nama itu dari dialek China, atau dari kata Jawa. Perkataan jong, jung atau junk boleh didapati dari perkataan China untuk kapal (船),[3][4] asalnya disebut sebagai ɦljon di bahasa China kuno. Walau bagaimanapun, Paul Pelliot dan Waruno Mahdi menolak asal-usul China untuk namanya.[5][6]:38 Lebih dekat adalah "jong" dalam bahasa Jawa, yang bermaksud kapal. Perkataan jong boleh dijumpai dalam prasasti Jawa kuno abad ke-9.[7][8]:155 Perkataan ini memasuki bahasa Melayu dan bahasa China pada abad ke-15, apabila senarai perkataan China dikenal pasti sebagai istilah Melayu untuk kapal,[9]:60 dengan itu secara praktikal mengeluarkan asal China untuk perkataan itu.[7]:266 Undang-undang laut Melayu yang dibuat pada akhir abad ke-15 sering menggunakan perkataan jung untuk merujuk kepada kapal-kapal kargo.[9]:60

Asal kata "junk" dalam bahasa Inggeris, dapat ditelusuri ke kata Portugis "junco", yang diterjemahkan dari kata Arab j-n-k (جنك). Perkataan ini berasal dari fakta bahawa skrip Arab tidak dapat mewakili digraf "ng".[6]:37 Perkataan ini digunakan untuk merujuk kepada kapal-kapal Jawa / Melayu (jong) dan China (chuán), walaupun kapal-kapal itu sangat berbeza. Selepas lenyapnya jong pada abad ke-17, maksud perkataan "junk" (dan kata-kata serupa yang lain dalam bahasa Eropah), yang sehingga itu digunakan sebagai transkripsi perkataan "jong" dalam Bahasa Melayu dan Jawa, mengubah maksudnya hanya merujuk kepada kapal-kapal China sahaja.[10]:204[6]:222

Perkataan "jung" juga boleh dikatakan berasal dari bahasa China, iaitu Teow Chew dan Hokkien dari selatan China. Di Teow Chew, jong dipanggil "jung" dan di hokkien disebut sebagai "jun". Teknologi perkapalan China mempunyai sejarah yang panjang sejak Dinasti Han (220 SM-200 AD), tetapi pada masa ini masih kapal sungai, bukan kapal laut. Untuk berlayar di lautan, orang China pada masa itu lebih suka menunggang kapal-kapal negara "K'un-lun", yang merujuk kepada Jawa dan Sumatra.[3] Orang-orang Nusantara biasanya merujuk kepada kapal-kapal besar China sebagai "wangkang", manakala yang kecil sebagai "top".[11]:193 Terdapat juga istilah dalam bahasa Melayu iaitu "cunea", "cunia", dan "cunya" yang berasal dari dialek China Amoy 船 仔 (tsûn-á), yang merujuk kepada kapal China berpanjang 10-20 m.[12][13]

Perkataan "djong" sendiri adalah tulisan Belanda untuk jong, kerana huruf j ditulis sebagai dj,[14]:71 sedangkan tulisan di Indonesia digunakan kata "jong".[15][1]:286-287